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超聲波細胞破碎儀是實驗的好幫手，溫度保護設置點必須比室溫或樣品溫度高5℃以上。當儀器處于運行狀態時，溫度傳感器測量值大于程序設定的溫度保護值時，超溫報警指示↑閃爍并鳴笛報警，如果在五秒鐘內，溫度恢復正常則超溫報警指示↑熄滅，不會影響原來的運行狀態；否則將停止超聲發射程序，進入超溫保護狀態，報警指示↑閃爍。超聲細胞分析儀超溫保護以后，如果溫度恢復到正常將熄滅超溫報警指示并延時一分鐘后退出超溫保護，繼續原來的工作程序。當發生溫度保護時可按“●”鍵返回設置狀態，重新設置保護值。
嚴禁在變幅桿未插入液體內（空載）時開機，否則會損壞換能器或超聲波發生器。
對各種細胞破碎量的多少，時間長短，功率大小，有待用戶根據各種不同介質再摸索確定，選取*值。下表為國內某高校實驗數據，僅供參考（京工超聲波細胞粉碎儀型號JYD650L，計數工作方式）。
實驗內容 | 超聲 次數 | 超聲（秒） | 間隙（秒） | 功率（W） | 容器（ml）(樣品量應接近 容器) | 破碎率（%） |
大腸桿菌 | 60-140 | 3 | 3 | 400 | 50 | >93 |
綠膿桿菌 | 60-120 | 3 | 3 | 400 | 50 | >92 |
梅毒 螺旋體 | 30-120 | 5 | 5 | 400 | 10 | >90 |
葡萄球菌 | 60-150 | 5 | 5 | 400 | 10 | >90 |
肝臟細胞酶提取 | 30-90 | 3 | 2 | 400 | 20 | >95 |
老鼠肝臟擊碎 | 30-90 | 4 | 3 | 450 | 20 | >95 |
老鼠坐骨神經 | 60-150 | 4 | 3 | 600 | 10 | >95 |
JYD-650L/JYD-650超聲波細胞粉碎儀用一定時間后變幅桿末端會被空化腐蝕而發毛，可用油石或銼刀銼平，否則會影響工作效果。
變幅桿選擇開關的使用：變幅桿選擇開關是用來匹配不同規格的變幅桿與發生器的阻抗的一致性。如換能器組件的阻抗與發生器的阻抗不一致時，超聲波就不能工作。新儀器或新配變幅桿時，選擇開關應打在對應的位置。當變幅桿磨損后可撥動開關至超聲工作正常為止，此時檔位與變幅桿規格不一定對應。超聲波細胞粉碎機的變幅桿選擇開關出廠時一般打在與變幅桿相對應的位置，當變幅桿磨損后，用戶可自由選擇檔位至超聲工作正常為止，此時檔位與變幅桿規格不一定對應。切勿在超聲輸出時改變變幅桿選擇開關檔位。
在超聲破碎時，由于超聲波在液體中起空化效應，使液體溫度會很快升高，用戶對各種細胞的溫度要多加注意。建議采用短時間（每次不超過5秒）的多次破碎，同時可外加冰浴冷卻。
使用組合程序工作方式時，應將被組合程序的溫度值設置成相同的值。
本機采用無工頻變壓器的開關電源，切勿自行打開發生器機殼，以防觸電。本儀器性能可靠，一般不易損壞。
超聲波細胞破碎儀不需預熱，使用應有良好的接地。
本機應安放在干燥，無潮濕、無陽光直射、無腐蝕性氣體的地方工作。
實踐表明：短時間的多次工作，工作時間1-2秒，間隙時間1-2秒，比連續長時間工作的效果要好。為防止液體發熱，可設定較長的間隙時間。另外，不間斷長時間工作容易形成空載，縮短儀器的使用壽命。
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